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【科研必备】做科研必须收藏的36个实用生物数据库

人阅读 发布时间:2020-09-14 10:41

生物数据库
在生物医学研究中,经常会遇到查阅各种资料的情况,可能是一段基因,也可能是一段序列,为了提高工作效率,收藏一些常备的数据库是费用有必要,现把常用数据库进行简单梳理,希望对大家有所帮助。

一、miRNA-lncRNA关系预测数据库

1.miRSponge数据库:http://www.bio-bigdata.com/miRSponge/

2.RNA22网站:https://cm.jefferson.edu/rna22/

3.lncACTdb数据库:http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/

4.RAID v2.0数据库:http://www.rna-society.org/raid/index.html

5.DIANA Tools数据库:http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2/index

6.starBase数据库:http://starbase.sysu.edu.cn/index.php

7.mircode数据库http://www.mircode.org/

8. LNCediting数据库http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/

9.LncRNASNP数据库http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/(可以预测人,小鼠)

10.lncrnamap数据库http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/

二、miRNA靶基因预测数据库

1. TargetScan

TargetScan数据库是大家比较常用的预测miRNA靶基因数据库,主要通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。该数据库提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、负鼠、鸡和青蛙等动物信息。最后一次更新时间为2015年8月,版本为V7.0。链接:http://www.targetscan.org/

2.PITA

该数据库基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能预测miRNA 的靶标,是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息,使用者可以通过miRNA预测靶基因,也可以通过mRNA预测miRNA信息,无论是miRNA还是mRNA均可通过提供name或ID进行分析。链接:http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html

3.miRBase

miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。该数据库于2014年6月更新,截止目前包含223个物种的35828个成熟的miRNA序列。该数据库提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息(仅包含已有的靶标信息,所以会出现部分miRNA靶标信息无的现象)。该数据库用于miRNA信息查询较多,靶关系预测较少。链接:http://www.mirbase.org/

4.microRA.org

该数据库提供了关于人类、小鼠、大鼠、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱,支持通过miRNA预测靶基因,也支持通过mRNA分析相关的miRNA。最后一次更新时间为2010年,好久不更新了。链接:http://www.microrna.org/

5.miRTarBase

该数据库主要收集的是被实验验证的miRNA靶标,同时提供支持搜索结果的文献或方法,最后一次更新于2015年9月。该数据库支持浏览、搜索和数据下载。链接:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/

6.starBase V2.0

该数据库采集了6000多份样本,14种癌症来自于37个独立研究的108份CLIP-seq数据,同时辅助降解组实验数据搜寻miRNA的靶标,提供了各式各样的可视化界面去探讨miRNA靶标。除了miRNA和靶标mRNA之间关系,该数据库还进行lncRNA、circRNA、protein与mRNA之间的相互作用分析,并分析了ceRNA机制。该数据库主要包含人、小鼠、线虫3个物种信息。链接:http://starbase.sysu.edu.cn/

三、miRNA相关数据库

1.EVmiRNA (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA),提供三个功能模块:(i)miRNA表达谱和来自不同来源(例如血液、母乳等)的EV的样品信息;(ii)不同EV中特异性表达的miRNA,有助于生物标志物鉴定;(iii)miRNA注释,包括EV和TCGA癌症类型中的miRNA表达,miRNA通路调节以及miRNA功能和出版物。EVmiRNA具有用户友好的Web界面,具有强大的浏览和搜索功能,以及数据下载。它是第一个专注于EV中miRNA表达谱的数据库,可用于EV生物标志物、miRNA功能和液体活检的研究和应用领域。

2.miR2Disease (http://www.mir2disease.org/)一个手工打造的数据库,旨在提供一个全面的microRNA对应各种人类疾病的资源。其中的每个条目包含miRNA-disease关系的详细信息,包括microRNA的ID、疾病名称、miRNA-disease关系的简要描述、microRNA在不同疾病状态的表达模式、microRNA的表达检测方法、通过实验验证microRNA的目标基因和参考文献。

3.mirWalk  (http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/ )查找通路中的miRNA以及其靶基因,并且能够查询疾病相关miRNA。

4.HMDD  (http://www.cuilab.cn/hmdd )提供与疾病相关的miRNA以及其靶基因,在通路分析的时候解列mirWalk非常有用。

5DIANA (http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index. php?r=site/page&view=software )这是非常综合的关于miRNA分析的工具厂。

6CoGeMiR(http://cogemir.tigem.it/)

数据库总结关于在进化过程中MicroRNA 在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。

四、rRNA相关数据库

1.silva(https://www.arb-silva.de/)是一个涵盖细菌、古菌、真核的rRNA基因序列的综合数据库

2.PR2(https://www.researchgate.net/project/Protist-Ribosomal-Reference-database-PR2)PR2(ProtistRibosomal Reference database)数据库是专门针对真核微生物小亚基SSU rRNA(即18SrRNA)基因的数据库。该数据库主要由核编码的原生生物序列构成,但为方便分析18S的高通量测序数据,数据库也包含了后生生物、陆地植物、大型真菌和真核细胞器(线粒体、质体等)的SSU序列。内含子和嵌合体序列已被去除。现PR2主页因技术故障无法登陆,但是数据库一直在更新,新数据可在https://figshare.com/articles/PR2_rRNA_gene_database/3803709下载。

 3.RDP  (http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp) RDP数据库全称“RibosomalDatabase Project”,该数据库提供质控、比对、注释的细菌、古菌16S rRNA基因和真菌28S rRNA基因序列。RDP是目前较常用的rRNA基因高通量测序后作为比对、注释的参考数据库。此外,还可用于平时菌种鉴定时,对少量rRNA基因测序后的物种进行分类鉴定,此时主要用其Classifier功能(http://rdp.cme.msu.edu/classifier /classifier.jsp),可非常方便地确定某条rRNA基因序列从门到属/种水平的分类信息并给出各水平相应的置信度。

4.Greengenes (http://greengenes.lbl.gov/) Greengenes是专门针对细菌、古菌16S rRNA基因的数据库,相比前面提到的RDP和SILVA数据库,该数据库更新速度较慢,目前更新停留在2013年5月更新的gg_13_5版本(可在该网址下载:http://greengenes.secondgenome.com/downloads/database/13_5),目前较常用于16S rRNA基因高通量测序后进行嵌合体去除的参比数据库。目前,比较火的一个分析——PICRUST,即根据16S rRNA高通量测序结果预测微生物群落功能的分析,也是基于gg_13_5数据库开发的,因此,想做PICRUST分析也必须依托Greengenes的gg_13_5数据库进行比对。

5.EzBioCloud (   http://www.ezbiocloud.net/dashboard)EzBioCloud是与Greengenes数据库类似,也是专门针对细菌、古菌16SrRNA基因的数据库,但其特点是以可培养的细菌、古菌16S rRNA基因序列为主。该数据库对与2016年10月1日进行了网站更新,其中最常用的功能是通过与该数据库比对,确定某16S rRNA基因序列对应物种在数据库中的近缘可培养/模式种,此时用到的是数据库的Identify功能(http://www.ezbiocloud.net/identify),网站要求应用该功能时需要先通过邮箱注册后方可使用。相比上面提到的RDP、SILVA和Greengenes来说,该数据库较少用于16S高通量测序后的参比数据库。

6.PhytoREF(http://phytoref.sb-roscoff.fr/)PhytoREF数据库是专门针对质体(plastid)中16SrRNA基因的数据库。所有陆地、淡水、海洋中的含质体生物16S rRNA基因序列都囊括在该数据库内,包括陆地植物、海洋和淡水大型和微型藻类等的质体。

7.PFR2(http://pfr2.sb-roscoff.fr/)浮游有孔虫界(planktonic Foraminifera /Rhizaria)是一类在海洋中广泛存在的浮游原生生物,其在海洋碳循环中起重要作用,且其化石可用以生物年代地层和古气候重建。PFR2是专门针对浮游有孔虫界18SrRNA基因的数据库。目前更新版本为1.0,于2015年1月20日释放,包含3322条高质量的浮游有孔虫界18S rRNA基因序列。

五、siRNA数据库及设计工具

1.siRNA DatabaseSearchable database of Silencer ™ Validated and Pre-designed siRNAs to >34,000 human, mouse, and rat targets. All siRNAs in the database have been designed for maximum potency and specificity using a well-tested, proprietary algorithm . And silencing results are guaranteed.

2.siRNA Target Finder Find siRNA target sites in your mRNA of interest using the published recommendations of Tuschl and colleagues for siRNA design. Once identified, siRNA targets can be sent directly to one of the kit-specific design tools described below or subjected to a BLAST search by clicking on the appropriate link below the target of interest.

3.Silencer™ siRNA Construction Kit Template Design Tool Once the target sequence of your siRNA has been chosen, use this tool to determine the sequences of the sense and antisense siRNA oligonucleotide templates. The program adds "CCTGTCTC" (complementary to the T7 Promoter Primer supplied in the kit) to the 3' end of each oligonucleotide.

4.pSilencer™ Expression Vectors Insert Design Tool This tool generates hairpin siRNA-encoding DNA oligonucleotide inserts from an input siRNA target sequence. The program will add the loop sequence and overhangs for cloning as outlined in the vectors' Instruction Manuals.

5.Silencer™ Express siRNA Expression Cassette Kits PCR Primer Design Tool This tool generates template DNA oligonucleotide sequences from an input siRNA target sequence. Designs for both the "two-oligonucleotide" and "single-oligonucleotide" approach are displayed. These designs are generated using the loop, terminator and RNA polymerase promoter sequences described in the kits' Instruction Manual.

6Protein lounge :http://www.proteinlounge.com/

Protein Lounge包括10个数据库和7个生物学工具以及1个个性化的工具。其中siRNA数据库:该数据库包括了众多生物种属中所有已知mRNA序列的siRNA靶位,并按照siRNA干扰对象(激酶、磷酸酯酶、转录因子和疾病相关基因)来组织数据。数据库中所有siRNA靶位均可以与Protein Lounge的siRNA在线设计工具链接。

7、在线设计siRNA软件(siDirect、DSIR、Sigma、invivogen、RNAi Codex)

 

 

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MDL(Medical Discovery Leader)聚焦于医学科学基础研究与转化医学的研究,服务于国内以及国外科研人员,为疾病的诊断、预防、治疗提供研究基础。自有实验室超过6000平米,主营业务范围涵盖模型动物、细胞生物学、分子生物学、蛋白、病理学。经过10余年的发展,我们与国内超过百余家的研究机构上千名研究人员共同完成了12000+的实验项目。


 

 

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