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FlowJo 流式数据分析基础——常见术语

人阅读 发布时间:2021-12-24 15:44

FlowJo 是美国斯坦福大学 Leonard Herzenberg(FACS 机器的发明者) 实验室在 90 年代研发的一款流式数据分析软件。FlowJo 由于功能强大, 简单易用, 已经被领域内的科学家、实验室广泛引用; 同时 FlowJo 也是各高影响力核心期刊引用最多的流式数据分析软件。但是在使用 FlowJo 进行流式数据分析的时候, 有些术语的含义非常常见, 但是其具体含义又是什么呢? 在这里简单做一些总结, 总结一些常见术语, 供大家参考。

1. 参数图

1.1 一维直方图 Histogram

每一个细胞单参数的测量数据可以整理成统计分布, 以直方图的方式来显示。在图中, 横坐标表示荧光信号或散射光信号相对强度的值, 其单位是道数, 可以是线形 (line) 或者对数 (log)。纵坐标一般是细胞数 (count)。

FlowJoFlowJo

1.2 二维散点图 Dot Plot

在二维图的中, 横坐标/纵坐标都表示荧光信号或散射光信号相对强度的值, 可以是线形 (line) 或者对数 (log)。双参数图可以将样品细胞群分开, 常用来分析多参数数据。

FlowJo

FlowJo

1.3 其它参数图

FlowJo

Density(密度图) Contour(等高线图)

2. 门「Gate」:

2.1 门的形式:

FlowJo

区域 (region,R) 标记 (Marker) 「十」字形 (Quant)

2.2 定义「门」的方法 (Gates)

(1) 门的 3 种组合:and; or; not(eg.Gate4 = Gate1 or Gate2 or Gate3)

FlowJo

(2)Convert Marker To Gate(eg.M1 = Gate 5)

FlowJo

(3)Convert Quads To Gates

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3. 数据统计

统计方式: 百分比 (%)& 荧光强度 (MFI)

(1) 百分比 (%): 一种细胞占样本中所有细胞的比例

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(2) 荧光强度 (MFI):Median = 164.74 所对应的值跟细胞表面受体个数正相关。

Mean: 平均荧光强度;Median: 荧光强度的中位数;Mode: 众数, 是一组数据中出现次数最多的数值;Geometric mean: 几何平均数, 是指 n 个观察值连乘积的 n 次方根, 计算公式为:

FlowJo

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4. 叠加

4.1 峰图叠加 (Overlay)

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方式一 方式二

4.2 点图叠加 (Overlay)

FlowJo

5. 拟合

5.1 模拟分析——细胞增殖

FlowJo

5.2 模拟分析——细胞周期

FlowJo

5.3 剂量效应

FlowJo

 

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MDL(Medical Discovery Leader)聚焦于医学科学基础研究与转化医学的研究,服务于国内以及国外科研人员,为疾病的诊断、预防、治疗提供研究基础。自有实验室超过 6000 平米,主营业务范围涵盖模型动物、细胞生物学、分子生物学、蛋白、病理学。经过 10 余年的发展,我们与国内超过百余家的研究机构上千名研究人员共同完成了 12000 +的实验项目。

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