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干货分享 | “玄学”Western blot ( WB)-内参你选对了吗?

人阅读 发布时间:2024-02-22 15:16

在 Western Blot 实验中,内参是指用于标准化蛋白质表达水平的参照蛋白。内参通常是一种在细胞中普遍表达且表达水平相对稳定的蛋白质,其表达水平不受实验条件或处理的影响。我们跑Western blot除了想知道目的蛋白在细胞/组织中是否表达,更重要的是想知道表达量的高低。Western blot条带的灰度值能够帮我们判断目的蛋白的表达丰度,但前提是你最初的上样量是一样的,这个上样量指的可不是上样体积,而是你的蛋白浓度。所以我们需要内参来帮我们调整上样量,也就是用内参的信号来对目标蛋白的信号进行标准化。

常用的内参有哪些?

 

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以下是一些选择内参蛋白的考虑因素:

表达水平:内参蛋白应该在实验样本中普遍表达,且表达水平应该相对稳定,不受实验条件或处理的影响。通常选择表达量较高的内参蛋白,以便在 Western Blot 中检测到明显的条带, 检测多组织多细胞样本对比表达量时,最好选用 GAPDH作为内参,因为GAPDH是代谢类蛋白,在活组织中表达比较恒定,而β-Actin和β-Tubulin是结构蛋白,不同组织的细胞结构会有差异性。

分子量:内参蛋白的分子量应该与目的蛋白的分子量有明显差异,以便在 Western Blot 中能够区分目的蛋白和内参蛋白的条带。通常选择分子量较大或较小的内参蛋白,以避免与目的蛋白的分子量重叠,一般我们选择内参与要检测的蛋白分子量最好相差5kDa以上。

物种来源:内参蛋白应该与实验样本的物种来源相同,以避免种属间的差异。如果实验样本来自不同的物种,可以选择在多个物种中表达相对稳定的内参蛋白。

细胞类型和组织类型:内参蛋白的表达水平可能因细胞类型和组织类型而异。因此,在选择内参蛋白时,应该考虑实验样本的细胞类型和组织类型,选择在相应细胞类型和组织类型中表达相对稳定的内参蛋白。

实验条件:某些实验条件可能会影响内参蛋白的表达水平。例如,用缺氧、诱导糖尿病等处理时,由于GAPDH的表达增高,不能用来做内参。因此,在选择内参蛋白时,应该考虑实验条件对其表达水平的影响。

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