一篇文章，帮你搞懂免疫沉淀和免疫共沉淀的区别

免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)是利用固定在磁珠或琼脂糖树脂等固相支持物上的特异性抗体对抗原进行亲和纯化的方法。免疫沉淀可以使用预固定或游离抗体。免疫沉淀依赖特异性识别靶蛋白的抗体,基本流程如下图:

图片来自ThermoFisher

免疫沉淀根据检测的目的可以分为免疫沉淀、免疫共沉淀(Co-IP)、染色质免疫沉淀(ChIP)和RNA免疫沉淀(RIP)。

免疫沉淀针对特定靶蛋白的抗体与样品(细胞裂解物等)中的靶蛋白形成免疫复合物,随后利用Protein A-磁珠或Protein G-磁珠将该免疫复合物从混合物中沉淀下来,并对富集的蛋白进行进一步的鉴定。

免疫共沉淀(Co-IP)是免疫沉淀的延伸,主要用于蛋白-蛋白相互作用检测。如果样品溶液中存在与靶蛋白相互作用的目的蛋白,也会被一同捕获及纯化得到,通过SDS-PAGE、Western和质谱等方法鉴定与靶蛋白结合的蛋白。其基本流程如下:

图片来自网络

染色质免疫沉淀(ChIP)用于鉴定基因组中与靶蛋白(如转录因子和组蛋白)结合的区域。将蛋白质与DNA暂时交联固定并剪切DNA,目标蛋白与核酸序列一起被沉淀后通过高通量测序、Southern和PCR等方法进行DNA鉴定。确定与靶蛋白结合的DNA片段。流程如下图:

图片来自网络

RNA免疫沉淀(RIP)原理与ChIP相似,与靶蛋白结合的RNA被沉淀后,用高通量测序、RT-PCR或Northern等方法对沉淀进行RNA鉴定。

随着技术的发展,目前磁性微粒已经取代琼脂糖成为免疫沉淀的最常用方法,由于磁性微粒明显小于琼脂糖,因此可以与更多的抗体结合,纯化是可以使用磁力架进行,避免了离心分离可能导致的抗原-抗体结合的破坏,避免了检测目的的损失。

上述各种免疫沉淀的异同总结如下:

实验项目	基本原理	检测目标	检测方法
免疫沉淀(IP)	抗原-抗体特异性结合	靶蛋白	Western、质谱
免疫共沉淀(Co-IP)	抗原-抗体特异性结合	与靶蛋白结合的蛋白	Western、质谱
染色质免疫沉淀(ChIP)	抗原-抗体特异性结合	与靶蛋白结合的DNA	测序、PCR或Southern
RNA免疫沉淀	抗原-抗体特异性结合	与靶蛋白结合的RNA	测序、RT-PCR或Northern

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