“工欲善其事必先利其器”,做为一名科研人员,对面复杂繁冗的科研数据,不能掌握适合的软件工具,得有多痛苦!今天给你安利一个功能强大的软件,让你轻松的绘制蛋白序列比对和进化树。

系统进化树的绘制一般使用MEGA软件,MEGA软件功能强大,但操作比较繁琐。如果只是想要绘制简单的进化树作为示意,可以使用NCBI的Blast中COBALT功能。操作如下:

1.在NCBI主页上进入Blast界面,在界面下方有多种比对工具,选择Multiple Alignment,进入COBALT界面。如图:

2.界面如下图:

3.在最上方输入蛋白序列的编号或FASTA格式的序列, 比对的命名可以不填写。序列输入完成后,点击左下方的Align按钮。如果勾选“Show results in a new window”,比对结果在新的窗口显示。

4.结果页面分为3部分,最上方的是比对结果的图形显示,最下方式序列比对结果。中间部分为比对的序列信息。

5.通过点击“Phylogenetic Tree”即可进行进化树的绘制

6.结果如下:

7.在Tools的Layout菜单中可以选择进化树的显示方式,如Slanted Cladogram

Rectangle Cladogram

Radial Cladogram

8.在Tools栏选择download-PDF File,可以将进化树下载保存为PDF文件。

文件显示如下:

 

关于MDL

MDL(Medical Discovery Leader)聚焦于医学科学基础研究与转化医学的研究,服务于国内以及国外科研人员,为疾病的诊断、预防、治疗提供研究基础。自有实验室超过6000平米,主营业务范围涵盖模型动物、细胞生物学、分子生物学、蛋白、病理学。经过10余年的发展,我们与国内超过百余家的研究机构上千名研究人员共同完成了12000+的实验项目。